A l'instar des autres titres de la collection Blu-Ray, Opération Tonerre retrouve l'intégralité des bonus proposés sur la précédente édition ultimate. C'est donc sans surprise que l'on retrouve la piste de Commentaire Audio avec d'un côté un membre de la Fondation Ian Fleming qui analyse le film (c'est intéressant mais il débite d'une manière trop monocorde) agrémenté d'interventions de Terence Young et de différents acteurs ; et de l'autre le monteur Peter Hunt (réalisateur d'Au Service Secret de Sa Majesté) et le scénariste John Hopkins, commentaire enregistré avec le même membre de la Fondation Fleming pendant le visionnage du film. C'est pendant ce dernier que l'on peut entendre la première version du générique avec la chanson Mr Kiss Kiss Bang Bang à la place de la chanson Thunderball.

Sous l'appellation Les dessous du MI6 se cache toujours les nouveaux bonus de la collection ultimate. Pas de réelle nouveauté néanmoins puisque l'on y retrouvera essentiellement des documents d'archives partiellement utilisés dans les making of et rétrospectives principales diverses. Bill Suitor l'homme fusée (3min44) et Comment faire exploser une voiture (16min25) sont deux featurettes dévoilant le tournage de scènes d'action phares du film : le décollage en jet pack et la poursuite explosive face à moto équipée de roquettes. Ce second se présentera d'ailleurs comme un guide destiné à un petit garçon. Repérages et extérieurs de Ken Adam (12min34) est un petit trésor d'archive. Soit un film personnel du chef décorateur, qui commente ici son film comme un journal du tournage. Opération Tonnerre lance le salon de la navigation (2min49) demeurera un montage non définitif - et donc radicalement différent de celui du film - de la bataille sous-marine profitant du fameux salon pour se faire un peu de promo et Les pubs de James Bond (1min30) sont des spots vendant des produits labellisés James Bond pour ceux qui ont envie de jouer aux agents secrets.
Enfin, bien qu'incroyablement long, le documentaire Le monde incroyable de James Bond (48min47) demeure essentiellement un produit promo très fleuve retraçant un portrait complet du personnage, mais devenu légèrement caricatural avec les années. On s'intéressera à ses conquêtes, ses ennemis, ses gadgets, son courage et ses formidables exploits physiques. Très informatif pour qui ne s'est jamais intéressé au personnage, ou n'a jamais vu aucun de ses films, le documentaire se contentera néanmoins de reprendre la plupart du temps des extraits des films précédents.

Les dossiers regroupe les très bons documentaires déjà proposés dans la toute première édition du film. Les coulisses d'Opération Tonnerre (3min37) concerne les différentes versions existantes du film et leurs différences (plans en plus ou en moins, montage légèrement différent, scènes coupées, dialogues changés, prise de son et doublage) avec parfois une comparaison. Mais le narrateur (Patrick Macnee qui s'occupe aussi des deux autres) ne fait que décrire là où on aurait aimé un peu plus d'explications : le sujet demandait un travail plus complet car on ne comprend pas forcément pourquoi il y a ces différences. Le segment Le phénomène Opération Tonnerre (29min44) se concentre sur la publicité, le marketing et les produits dérivés. C'est plutôt intéressant et on y apprend une amusante anecdote : James Bond a involontairement coulé la firme Gilbert, alors le plus gros fabricant de jouet américain, parce que celle-ci avait sorti une série défectueuse de circuits de voitures affiliés 007. Enfin, Le making of d'Operation Tonnerre (26min24) s'intéresse au tournage du film à Paris et au Bahamas : ambiance super cool avec champagne coulant à flot entre les prises, beaucoup de risque et de danger avec des explosions (dont une eut un souffle de 50 km qui brisa les vitres de Nassau) et des cascades spectaculaires (en voiture ou au milieu des requins), construction de décors, gadgets et engins en taille réelle, aide de l'armée pour les séquences sous-marines et le combustible des explosions, etc... On peut y voir plusieurs interventions des membres de l'équipe technique et artistique (dont Terence Young, hélas depuis disparu). C'est de tous le plus intéressant.

Enfin, les sections Ministère de la propagande et Banque d'images proposent respectivement les bandes annonces, spots TV, et spot radio pour l'un ainsi que de longues galeries défilantes de photos de plateau pour l'autre. Les missions de 007 est un segment de remplissage purement et simplement inutile dont le seul intérêt est d'avoir accès à certaines scènes du film. Un menu pour les gadgets, un pour les femmes, un pour le générique, etc, qui aboutissent chacun à un court extrait... Dispensable mais présent sur tous les titres de la collection.